A FAPIFMG estrutura sua atuação com base em um modelo de governança sólido e transparente, composto por três instâncias fundamentais: o Conselho Curador, como órgão deliberativo superior responsável pela orientação estratégica; o Conselho Diretor, que conduz a gestão executiva e operacional da Fundação; e o Conselho Fiscal, encarregado do controle interno e da supervisão contábil e financeira. Para garantir presença e eficiência em diferentes regiões, a Fundação também poderá instituir filiais sempre que necessário, fortalecendo sua capacidade de apoiar o IFMG e ampliar seu impacto no desenvolvimento científico, tecnológico e social.
